＊ネタバレ注意！
第1期からそれほど時間は経っていない。
9課はまだ表向き特殊部隊規制法案によって解散させられた状態だが、今回のテロ事件が警察の手に余るとわかった途端召集がかけられた。
前政権の有力者である薬島が逮捕された後に総選挙があり、その後茅葺内閣が誕生した。
内務大臣は同じ人物が担当、9課はその内務大臣直属組織。
これまでの戦後民主主義路線に対する反動保守政権。
首相就任演説のときの公約に「難民政策の段階的停止」が取り込まれていた。
＊近く、招慰難民政策特別措置法案の廃案に伴い、難民の受け入れ無期限停止と、難民居住区の段階的縮小化を発表することになっている←このことが、今回のテロ事件の取り扱いを難しくしている（後述）。
海外の戦争難民を受け入れた居住区。
日本に5箇所ある。
今回のシリーズでは出島が重要な役割を果たす。
個別の11人と名乗る犯行グループが、中国大使館を占拠した。
彼らは「アジア難民の受け入れ即時撤廃」「国内の招慰難民居住区の完全閉鎖」を要求。
これは茅葺内閣の方針と合致するのだが、仮にこの事件が明るみに出、彼らの要求が公になった後に政府が同様の政策を施行すると、テロに屈したような印象を与えてしまう。
そこで、彼らの要求が明るみに出る前に何としても制圧する必要がある。
この後何度も出てくるが、このグループがオリジナルであり、後に続く個別の11人は合田（後述）のウィルスに感染した模倣者。
茅葺首相は、テロを制圧するにあたって人質の中に犠牲者を一人も出さないことを条件に、次の国家審議会で9課を再建する予算を申請しても良いと荒巻に打診する。
荒巻は快諾。
しかし、特殊部隊規制法案が施行されたままの9課を動かせば、たとえ作戦が成功したとしてもマスコミの餌食になるので、現在関係各所に特殊部隊規制法案改定書類にサインさせている状態。
これがすまなければ突入はできない。
しかしそこへ、警察に負傷者と人質が出たとの情報が。
荒巻は瞬時に新たな作戦を立てる。
- 今回の制圧はあくまで警官隊によるもの。
- 9課は独自に行動し、内閣はそれを知らなかったことに（後で正当化するための書類は作成）。
- 作戦に失敗した時は荒巻が責任を取る。
- マスコミに漏れたとしても、政府にダメージはない。
- バトー「突入の人選は？」
- 少佐「バトーはトグサ、パズはサイトーとの2マンセルで行け」
というシーンがある。
二人一組のことだが、お互いがサポートし合い、死角などをカバーし合いながら任務に当たること。
任務は無事完了し、9課の申請した予算は茅葺総理に全面的に受け入れられた。
9課は改めて内務省直属の組織として再スタートを切ることとなる。
構造解析されていたタチコマも復元されて復帰。
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